1. Về kỳ tính thuế GTGT

Thông tư 89/2026/TT-BTC có điều chỉnh về kỳ tính thuế GTGT so với quy định hiện hành. Doanh nghiệp cần cập nhật nội dung chi tiết để xác định đúng kỳ kê khai áp dụng cho mình.

2. Về cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế GTGT

Quy định về cơ quan thuế có thẩm quyền tiếp nhận và xử lý hồ sơ khai thuế GTGT cũng được sửa đổi. Người nộp thuế nên rà soát lại để nộp hồ sơ đúng cơ quan thuế quản lý theo quy định mới.

3. Về phân bổ, khai thuế, nộp thuế đối với các trường hợp phân bổ nghĩa vụ thuế

Nội dung đáng chú ý nhất trong nhóm này là quy định mới về phân bổ thuế GTGT đầu vào áp dụng riêng cho doanh nghiệp viễn thông đầu tư dùng chung hạ tầng toàn hệ thống:

• Đối tượng & Phạm vi: Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng chung hệ thống hạ tầng viễn thông (tài sản cố định, vật tư, hàng hóa, chi phí dịch vụ mua ngoài) phát sinh tại trụ sở chính hoặc đơn vị được phân cấp, ủy quyền, người nộp thuế được lựa chọn phân bổ số thuế này cho trụ sở chính và các đơn vị phụ thuộc tại các tỉnh để kê khai, khấu trừ tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
• Tỷ lệ phân bổ: Xác định theo tỷ lệ phần trăm doanh thu (chưa gồm thuế GTGT) phát sinh tại trụ sở chính và các chi nhánh trên tổng doanh thu toàn hệ thống, tính theo kỳ tính thuế GTGT liền kề trước kỳ thực hiện phân bổ.
• Thời gian áp dụng: Việc phân bổ áp dụng theo năm dương lịch; nếu thay đổi phương pháp phân bổ thì thực hiện từ năm dương lịch tiếp theo.
• Về biểu mẫu: Bổ sung Phụ lục bảng kê thuế GTGT đầu vào phân bổ cho chi nhánh kinh doanh viễn thông theo mẫu số 01-7/GTGT, kèm theo hồ sơ khai thuế mẫu số 01/GTGT.

4. Về khấu trừ thuế GTGT đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước

Thông tư bổ sung hướng dẫn cụ thể về khấu trừ thuế GTGT áp dụng riêng cho nhóm công trình sử dụng nguồn vốn ngân sách nhà nước.

5. Về hồ sơ khai thuế GTGT

Nhóm nội dung này có bốn điểm sửa đổi, bổ sung chính:

• Nộp hồ sơ khai thuế riêng đối với một số chủ thể đặc thù: Bổ sung quy định nộp hồ sơ khai thuế GTGT riêng đối với tổ chức bán đấu giá, bên nhận bảo đảm, cơ quan thi hành án — thuộc các trường hợp khấu trừ, khai thuế thay, nộp thuế thay theo quy định tại điểm c khoản 1 và điểm c, d, k khoản 2 Điều 22 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.
• Doanh thu phát sinh trong giai đoạn đầu tư: Bổ sung quy định đối với dự án đầu tư đang trong giai đoạn đầu tư nhưng có phát sinh doanh thu chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính, doanh thu thanh lý nguyên vật liệu. Các khoản doanh thu này được kê khai vào tờ khai mẫu số 01/GTGT, đồng thời phải bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư trên tờ khai mẫu số 02/GTGT với số thuế phát sinh trên tờ khai mẫu số 01/GTGT.
• Khai thuế đối với hoạt động đại lý: Bổ sung quy định riêng về khai thuế GTGT đối với hoạt động đại lý.
• Bãi bỏ quy định về hợp đồng hợp tác kinh doanh (BCC): Bãi bỏ quy định tại điểm đ khoản 2 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP về việc người nộp thuế được giao quản lý hợp đồng hợp tác kinh doanh với tổ chức (không thành lập pháp nhân riêng) phải khai thuế riêng cho hợp đồng theo thỏa thuận.

6. Về mẫu biểu khai thuế GTGT

Thông tư cũng có các sửa đổi liên quan đến mẫu biểu khai thuế GTGT, người nộp thuế cần cập nhật để sử dụng đúng mẫu áp dụng từ kỳ tính thuế theo quy định mới.

* Bài viết mang tính chất tổng hợp, tham khảo; không thay thế tư vấn pháp lý – kế toán chuyên sâu cho từng trường hợp cụ thể của doanh nghiệp.